Tạp chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, S. 6 (2015)

Cỡ chữ:  Nhỏ  Vừa  Lớn

SO SÁNH MỘT SỐ THUẬT TOÁN PHÂN CỤM PHỔ CHO DỮ LIỆU BIỂU DIỄN GENE

Hoàng Thị Thanh Giang, Nguyễn Thị Thúy Hạnh, Nguyễn Hoàng Huy

Tóm tắt


     Các thuật toán phân cụm phổ là một trong những thuật toán hiệu quả nhất để phân chia các gene thành các nhóm theo mức độ tương tự biểu diễn gene của chúng. Những phân nhóm như thế có thể đề xuất những gene tương ứng tương quan và/hoặc cùng được điều hòa và dẫn đến chỉ ra những gene đó có thể chia sẻ một vai trò sinh học chung. Trong bài báo này, ba thuật toán phân cụm phổ phổ biến nhất được nghiên cứu: phân cụm phổ không chuẩn hóa, phân cụm phổ chuẩn hóa theo Shi và Malik (2000), phân cụm phổ chuẩn hóa theo Ng et al. (2002). Những thuật toán này được so sánh với nhau. Hiệu năng của ba thuật toán này được nghiên cứu trên dữ liệu chuỗi thời gian của biểu diễn gene sử dụng khoảng cách xoắn thời gian động (DTW) để đo độ tương tự giữa những hồ sơ thể hiện gene. Bốn độ đo hiệu lực phân cụm khác nhau được sử dụng để đánh giá các thuật toán phân cụm: Độ đo

liên kết (Connectivity) và chỉ số Silhouette (Silhouette Index) để ước lượng chất lượng của phân cụm, chỉ số Jaccard (Jaccard Index) để đánh giá độ ổn định của phương pháp phân cụm và chỉ số Rand (Rand Index) để đánh giá sự chính xác. Sau đó chúng tôi phân tích các kết quả thu được bởi kiểm định Friedman. Phân cụm phổ chuẩn hóa theo Ng et al. (2002) chứng tỏ là tốt nhất theo chỉ số hiệu lực Silhouette và Rand.


Toàn văn: PDF

Tạp chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, ISSN: 1859-0004